В настоящее время в структуру УФСИН России по Забайкальскому краю входят 10 учреждений:  

- исправительная колония № 1 строгого режима (г. Нерчинск);
- исправительная колония № 2 особого режима (пос. Шара-Горохон, Карымского р-на);
- исправительная колония № 3 общего режима (г. Чита);
- лечебно-исправительное учреждение № 4 для осужденных, больных туберкулезом легких (г. Чита);
- исправительная колония № 5 строгого режима, на базе которой имеется "Больница №1" ФКУЗ МСЧ-75 ФСИН России, ЕПКТ (г. Чита);
- исправительная колония № 7 строгого режима (пгт. Оловянная);
- исправительная колония № 8 строго режима (пгт. Карымское);
- исправительная колония № 10 общего режима (г. Краснокаменск);
- следственный изолятор № 1 на базе которого имеется "Больница №2" ФКУЗ МСЧ-75 ФСИН России (г. Чита);
- следственный изолятор № 2 (г. Краснокаменск).

Кроме этого, в УИС края входит:

- Уголовно-исполнительная инспекция УФСИН России по Забайкальскому краю, в состав которой входит 13 межмуниципальных филиалов и 5 филиалов уголовно-исполнительной инспекции, из которых 5 располагаются в черте г. Читы, 13 – в районах Забайкальского края. Отдаленность от краевого центра до филиалов расположенных в крае min-100 км (автодорожное сообщение), max -600 км (авиа сообщение). Для исполнения наказания в виде принудительных работ создан Исправительный центр №1 УФСИН России по Забайкальскому краю в городе Нерчинске с лимитом наполнения 304 места, а также в городе Краснокаменске Изолированный участок, функционирующий как исправительный центр, при ФКУ ИК-10 УФСИН России по Забайкальскому краю с лимитом наполнения 50 мест;
- Управление по конвоированию УФСИН России по Забайкальскому краю;
- Центр инженерно-технического обеспечения и вооружения УФСИН России по Забайкальскому краю;
- База материально-технического и военного снабжения УФСИН России по Забайкальскому краю.

Медико-санитарное обеспечение учреждений УИС осуществляют ФКУЗ МСЧ-75 ФСИН России. Действуют 4 профессиональных училища и 6 филиалов. При колониях №№ 1,2,3,7,10 образованы участки колонии-поселения. В непосредственном подчинении Управления ФСИН России по Забайкальскому краю находится отдел специального назначения "Кодар". 

Осуществляют свою деятельность Совет ветеранов и Общественный совет при УФСИН России по Забайкальскому краю по проблемам деятельности УИС.